Bucuria nespus de mare a vizitatorilor, mai cu seamă a celor tineri, este atunci când ajung la partea vie a muzeului: acvariile.
În cele 13 bazine cu o capacitate de peste 11.000 litrii de apă, trăiesc numeroase specii de peşti indigeni şi exotici, broaşte ţestoase, scoici şi raci, încântând ochiul vizitatorului prin dimensiunile şi coloritul lor variat.